Qonto per E-commerce 2026: Multi-IBAN, Integrazione Shopify/WooCommerce e Fatturazione Automatica per Negozi Online

Gestire un negozio online in Italia nel 2026 significa dover tenere sotto controllo flussi di pagamento provenienti da piattaforme diverse, emettere fatture elettroniche in modo puntuale e rispettare gli obblighi IVA europei sul regime OSS. Qonto si è affermato come uno dei conti business più utilizzati dagli e-commerce italiani proprio perché offre funzionalità pensate per questa realtà: Multi-IBAN nativo, integrazioni dirette con Shopify e WooCommerce, e strumenti di fatturazione automatica integrati nel conto. In questa guida vediamo nel dettaglio come sfruttare Qonto se gestisci un negozio online, sia che tu operi come ditta individuale sia come società.

Se cerchi una panoramica generale su Qonto come conto business, puoi leggere anche il nostro articolo Qonto per E-commerce: Conto Business per Vendite Online che tratta gli aspetti di base dell’apertura e gestione del conto.

Qonto per e-commerce: perché è diverso da un conto ordinario

Un conto corrente tradizionale è pensato per ricevere accrediti da un unico IBAN e gestire pagamenti generici. Un e-commerce, invece, lavora con PayPal, Stripe, Amazon Pay, bonifici diretti dai clienti e spesso con marketplace come Amazon o Etsy, ognuno con le proprie tempistiche e logiche di rendicontazione. Questo crea subito un problema: come conciliare tutti questi flussi in modo ordinato, senza perdere ore ogni settimana a incrociare movimenti?

Qonto risponde a questa esigenza con alcune caratteristiche specifiche che i conti ordinari non hanno:

• Multi-IBAN nativo: puoi generare più IBAN virtuali collegati allo stesso conto principale, uno per ogni canale di vendita o marketplace
• API aperte: Qonto si integra con gli strumenti di e-commerce più diffusi tramite connettori ufficiali o API
• Fatturazione integrata: emetti fatture elettroniche B2B e B2C direttamente dall’app, senza strumenti esterni
• Schede contabili per spesa: ogni acquisto pubblicitario, ogni abbonamento SaaS, ogni spesa di magazzino viene categorizzato automaticamente
• Accesso multi-utente: il commercialista, il responsabile logistica e il team marketing possono avere accessi separati con permessi diversi

Immagina di gestire un negozio di abbigliamento che vende su WooCommerce e contemporaneamente su Amazon Marketplace. Con un conto tradizionale avresti un unico estratto conto in cui confluisce tutto, rendendo difficile capire quante vendite arrivano da dove. Con Qonto puoi invece assegnare un IBAN dedicato a ogni canale e vedere in tempo reale quanto genera ciascuno.

Multi-IBAN Qonto: gestire più marketplace con un solo conto

La funzione Multi-IBAN è forse la più utile per chi vende su più canali. In pratica, con Qonto puoi creare fino a un secondo IBAN aggiuntivo (nei piani superiori) associato allo stesso conto principale. Ogni IBAN ha il suo estratto conto separato, ma tutto confluisce nella stessa liquidità.

Come funziona in pratica? Supponiamo che tu venda su tre canali:

• Sito WooCommerce diretto → IBAN principale Qonto
• Amazon Marketplace → secondo IBAN Qonto
• Pagamenti PayPal → PayPal rimane separato, ma puoi programmare trasferimenti automatici verso il conto Qonto

In questo modo, quando arriva il momento di fare il bilancio mensile o di preparare la dichiarazione IVA trimestrale, sai immediatamente quanto ha generato ogni singolo canale. Il vantaggio non è solo organizzativo: è anche fiscale. Il tuo commercialista (o il CAF se gestisce la contabilità) può leggere i movimenti per canale e calcolare con precisione le imposte da versare.

Importante: il Multi-IBAN di Qonto genera IBAN con prefisso FR (Francia), poiché Qonto è un istituto di pagamento autorizzato dalla Banca di Francia. Questo è perfettamente legale e accettato in tutta la zona SEPA, ma alcuni clienti o marketplace potrebbero chiedere un IBAN italiano. In quel caso, valuta se questa limitazione è rilevante per il tuo modello di business.

Integrazione Shopify e WooCommerce con Qonto

Qonto non si integra direttamente con Shopify o WooCommerce come gateway di pagamento (per quelli si usano Stripe, PayPal o altri provider), ma si collega a questi ecosistemi attraverso integrazioni contabili e di riconciliazione. La differenza è importante da capire:

• Gateway di pagamento: lo strumento che accetta il pagamento del cliente al momento dell’acquisto (Stripe, PayPal, Klarna…)
• Integrazione contabile: il collegamento tra il conto business e la piattaforma e-commerce per riconciliare automaticamente gli incassi

Qonto si colloca nel secondo ambito. Vediamo come funziona per ogni piattaforma.

Qonto e Shopify

Shopify non ha un’integrazione nativa con Qonto, ma ci sono due percorsi principali:

• Tramite Zapier o Make (ex Integromat): puoi creare automazioni che, quando Shopify registra un pagamento completato, aggiornano un foglio di calcolo o inviano i dati a Qonto per la riconciliazione
• Tramite il commercialista: esporti i report di vendita da Shopify (CSV o PDF) e li incroci manualmente con i movimenti Qonto; meno automatico ma più controllato

La strada più efficiente per chi gestisce volumi elevati (oltre 100 ordini al mese) è affidarsi a un software di fatturazione elettronica come Fatturazione Italia di BeSmart per emettere le fatture verso i clienti B2B e gestire le autofatture TD17/TD18/TD19 sugli acquisti da fornitori esteri (Google, Meta, Amazon, plugin e servizi SaaS), tipici di chi vende online. Le autofatture estero sono comprese nel piano Pro, a 89 € + IVA l’anno (108,58 € IVA inclusa), e non contano come ricavi: restano fuori dal fatturato e dalla soglia del forfettario. Se gestisci un e-commerce con fatturato rilevante, ti consigliamo di valutare questa soluzione: scopri di più su fatturazioneitalia.it.

Qonto e WooCommerce

WooCommerce, essendo open source e basato su WordPress, offre più possibilità di personalizzazione. Esistono plugin specifici che collegano WooCommerce a Qonto per:

• Generare automaticamente una fattura Qonto per ogni ordine completato
• Abbinare i pagamenti ricevuti su IBAN Qonto agli ordini WooCommerce corrispondenti
• Esportare i dati di vendita nel formato richiesto dal tuo commercialista

Tra i plugin più utilizzati troviamo integrazioni via API Qonto sviluppate da agenzie italiane specializzate in WooCommerce. Se non hai un tecnico interno, il consiglio è di rivolgerti a uno sviluppatore che conosca le API di Qonto (documentate pubblicamente sul portale developer di Qonto) per una configurazione su misura.

Fatturazione automatica per negozi online

La fatturazione è uno degli aspetti più onerosi per un e-commerce italiano. Ecco perché:

• Le vendite B2B (ad altre aziende o professionisti con P.IVA) richiedono fattura elettronica obbligatoria via SDI (Sistema di Interscambio dell’Agenzia delle Entrate)
• Le vendite B2C (ai privati) richiedono scontrino o ricevuta fiscale, a meno che il cliente non richieda esplicitamente fattura
• Le vendite verso UE a privati sopra la soglia OSS richiedono gestione IVA paese per paese (o iscrizione al regime OSS)

Qonto offre un modulo di fatturazione integrato nell’app che consente di:

• Creare e inviare preventivi e fatture direttamente dall’app mobile o desktop
• Generare fatture periodiche per abbonamenti o clienti fissi
• Monitorare i pagamenti in scadenza e inviare reminder automatici
• Esportare le fatture in formato PDF o CSV per il commercialista

Tuttavia, è importante sapere che il modulo fatturazione di Qonto non è un software di fatturazione elettronica certificato SDI: le fatture Qonto sono documenti commerciali, non fatture elettroniche nel senso normativo italiano. Per la fatturazione elettronica obbligatoria verso soggetti con P.IVA italiani, dovrai comunque usare un software certificato collegato al Sistema di Interscambio.

La soluzione ottimale per un e-commerce è quindi un sistema a due livelli:

• Qonto per la gestione del conto, dei flussi di cassa e delle fatture commerciali ai clienti privati
• Software di fatturazione elettronica (come Fatturazione Italia) per le fatture elettroniche SDI verso clienti B2B, da affiancare al tuo conto Qonto

Gestione IVA OSS e vendite UE con Qonto

Se vendi a consumatori finali in altri paesi dell’Unione Europea, dal 1° luglio 2021 sei soggetto al regime OSS (One Stop Shop). In sintesi: quando le tue vendite verso un paese UE superano 10.000 euro annui complessivi, devi applicare l’IVA del paese del consumatore, non quella italiana.

Questo crea una complessità contabile non banale: devi tenere traccia di quanta IVA hai incassato per ogni paese UE e versarla trimestralmente attraverso il portale OSS dell’Agenzia delle Entrate.

Qonto supporta la gestione OSS in modo indiretto:

• Separazione per valuta: se ricevi pagamenti in valute diverse (es. transazioni in GBP dal Regno Unito), Qonto li gestisce con conversione automatica
• Tag per categoria: puoi etichettare i movimenti in entrata per paese di provenienza, facilitando l’estrazione dei dati per il calcolo OSS
• Export CSV dettagliato: il tuo commercialista può scaricare l’estratto conto Qonto e incrociarlo con i dati delle vendite per paese per compilare la dichiarazione OSS trimestrale

Se il tuo e-commerce vende in più paesi UE e il volume è rilevante, è fondamentale affidarsi a un professionista per la gestione OSS. Il CAF Centro Fiscale può assisterti nella verifica della soglia OSS e nell’impostazione della contabilità adeguata. Per un preventivo personalizzato, contattaci attraverso il modulo qui sotto.

Carte virtuali e gestione spese per e-commerce

Un aspetto spesso trascurato nella gestione di un e-commerce è il controllo delle spese operative: pubblicità su Meta e Google Ads, abbonamenti SaaS (Shopify, plugin, tool di email marketing), corrieri, packaging, marketplace fees. Queste spese sono deducibili ai fini fiscali, ma solo se documentate correttamente.

Qonto offre un sistema di carte virtuali illimitate (nei piani superiori) molto utile per l’e-commerce:

• Carta virtuale dedicata a Meta Ads: limite mensile preimpostato, tutte le spese pubblicitarie Facebook/Instagram su questa carta
• Carta virtuale per Google Ads: separata dalla precedente, così vedi immediatamente il costo per canale
• Carta virtuale per abbonamenti SaaS: Shopify, Klaviyo, plugin WooCommerce, tool di analytics – tutti su una carta sola
• Carta virtuale usa e getta: per acquisti spot da fornitori non ricorrenti, con limite di importo e scadenza automatica

Ogni carta ha il suo estratto conto e la ricevuta viene allegata automaticamente al movimento (basta fotografarla con l’app). A fine trimestre, il commercialista ha tutto il necessario per dedurre correttamente le spese.

Piani e costi Qonto per e-commerce

Qonto offre diversi piani in abbonamento mensile o annuale. I piani più adatti a un e-commerce dipendono dal volume di transazioni e dalle funzionalità necessarie:

Piano Essential (1 utente): adatto per e-commerce monocanale agli inizi, con volumi contenuti. Include IBAN, carta fisica, accesso app e alcune integrazioni di base.

Piano Business (fino a 5 utenti): il punto d’ingresso per chi ha un team. Aggiunge più carte virtuali, trasferimenti internazionali inclusi e funzionalità avanzate di riconciliazione.

Piano Enterprise (utenti illimitati): per e-commerce strutturati con più canali, team commerciale e necessità di Multi-IBAN, approvazioni a cascata e integrazioni ERP.

Per conoscere i prezzi aggiornati e capire quale piano è più adatto al tuo e-commerce, ti consigliamo di verificare direttamente sul sito ufficiale Qonto, che aggiorna periodicamente le tariffe. Non riportiamo prezzi specifici per evitare di dare informazioni obsolete.

Qonto offre spesso periodi di prova gratuiti e promozioni per le nuove aperture. Puoi aprire il tuo conto Qonto tramite il link affiliato di Centro Fiscale per accedere alle condizioni promozionali disponibili al momento: apri il tuo conto Qonto business.

Domande frequenti su Qonto per e-commerce

Posso usare Qonto come unico conto per il mio e-commerce?

Sì, Qonto può essere il conto principale del tuo e-commerce. Tieni presente che per la fatturazione elettronica obbligatoria verso clienti B2B italiani avrai bisogno di un software SDI separato (Qonto non copre questa funzione). Per tutto il resto – incassi, pagamenti fornitori, carte, spese operative – Qonto è una soluzione completa.

Qonto accetta pagamenti da PayPal e Stripe?

Qonto non è un gateway di pagamento, quindi non “accetta” pagamenti direttamente dai tuoi clienti. PayPal e Stripe raccolgono i pagamenti sul tuo conto PayPal/Stripe, da cui puoi poi trasferire i fondi sul tuo IBAN Qonto. I tempi di trasferimento dipendono dalle policy di PayPal e Stripe (solitamente 1-3 giorni lavorativi).

Qonto è adatto per dropshipping?

Sì. Il dropshipping richiede frequenti pagamenti ai fornitori (spesso internazionali) e la gestione di rimborsi. Qonto supporta i bonifici SEPA istantanei e i pagamenti internazionali in valuta estera, con commissioni trasparenti. Le carte virtuali sono molto utili per pagare i fornitori dropshipping in modo tracciato e sicuro.

Posso aprire un conto Qonto come ditta individuale e-commerce?

Sì. Qonto accetta sia persone fisiche con partita IVA (ditte individuali, liberi professionisti) sia società (SRL, SNC, SAS). Per i forfettari, Qonto è una scelta molto diffusa grazie alla semplicità dell’apertura online e alla gratuità o basso costo dei trasferimenti SEPA.

Come funziona il Multi-IBAN di Qonto?

Il Multi-IBAN di Qonto permette di generare un secondo IBAN collegato allo stesso conto principale. Entrambi gli IBAN condividono lo stesso saldo, ma i movimenti vengono visualizzati separatamente. Questa funzione è disponibile nei piani superiori di Qonto e richiede attivazione dall’app. Gli IBAN generati sono IBAN francesi (prefisso FR), validi in tutta la zona SEPA.

Qonto è sicuro per il mio business?

Qonto è un istituto di pagamento autorizzato e vigilato dalla Banca di Francia (ACPR). I fondi depositati sono protetti fino a 100.000 euro per titolare attraverso il meccanismo di garanzia dei depositi europeo (FGDR francese), equivalente al FITD italiano. Dal punto di vista della sicurezza informatica, Qonto implementa autenticazione a due fattori e notifiche in tempo reale per ogni movimento.

Questo articolo è stato redatto con l’ausilio di strumenti di intelligenza artificiale e verificato dalla redazione di Centro Fiscale, che ne è responsabile dei contenuti.

Hai bisogno di supporto per la contabilità del tuo e-commerce?

Gestire la fiscalità di un e-commerce – dall’IVA OSS alla fatturazione elettronica, dalla scelta del regime fiscale alla gestione delle spese deducibili – richiede competenze specifiche. Il CAF Centro Fiscale di Udine offre assistenza personalizzata per e-commerce e attività online. Richiedi un preventivo personalizzato compilando il modulo di contatto qui sotto.

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